OP Rybářství 2014–2020 spravovaný Ministerstvem zemědělství poskytl ke konci roku 2022 naší akvakultuře více než 840 milionů korun. Celkem pomohl financovat 888 projektů, ke kterým patřila například výstavba a rekonstrukce rybníků, sádek a líhní, pořízení veškerého rybářského vybavení nebo zařízení zpracoven ryb. Efektivitu a správnost vynaložených dotací hodnotí NKÚ většinou pozitivně, vytýká ale MZe například, že se nepodařilo vytvořit organizace producentů a naplnit cíl národní strategie, kterým bylo zvýšení spotřeby sladkovodních ryb v ČR.
Zvýšení spotřeby sladkovodních ryb však není mezi cíli OP Rybářství uvedeno, a to z důvodu mnoha externích faktorů, které spotřebu ovlivňují. Zvýšení spotřeby je uvedeno ve Víceletém národním strategickém plánu pro akvakulturu do roku 2024. Ten může být podpořen různými nástroji, nikoliv pouze prostřednictvím OP Rybářství 2014-2020. Neplatí, že všechny předpoklady a cíle uvedené ve strategii musí být podpořeny také OP Rybářstvím 2014–2020.
U opatření na podporu inovací podle NKÚ nestanovilo MZe vhodné ukazatele, aby přinášely dostatečné informace o přínosech inovací v praxi. MZe tak údajně nemá přehled, v jaké míře a zda vůbec jsou inovace do rybářské praxe zaváděny. Výstupem po realizaci projektů jsou mmj. technické zprávy, které MZe zveřejňuje na svých webových stránkách. Na jejím základě může jakýkoliv subjekt využít inovaci ve svém podniku, případně se spojit s řešiteli projektu k zavedení inovace. Výsledky jsou také představovány na seminářích a konferencích. Některé výstupy a výsledky inovací podpořených z OP Rybářství jsou chráněny českým patentem a získaly různá ocenění.
Jedním ze záměrů OP Rybářství bylo založit v ČR organizace producentů, tedy sdružení chovatelů a zpracovatelů ryb zajišťující výhodnější centralizovaný nákup a prodej produktů. To se však nepovedlo. I přes neúspěch se založením první organizace producentů akvakultury je podle MZe stále důležité tento záměr podporovat. MZe předpokládá, že dojde ke sdružení chovatelů ryb v intenzivních akvakulturních systémech, zejména recirkulačních akvakulturních zařízení, proto plánuje vyhlásit příjem žádostí o dotaci z OP Rybářství 2021–2027 v příštím roce.
Kontroloři NKÚ také poukázali na to, že u výdajů na propagační kampaně nenastavilo MZe finanční limity. Podle MZe je s ohledem na různorodost propagačních projektů a jejich rozdílný charakter (komunikační a propagační akce, pořádání konferencí a seminářů, pořádání a účast na veletrzích a výstavách a vydávání odborných publikací) nastavení finančních limitů neefektivní Proto MZe při posuzování hospodárnosti jednotlivých projektů využívá nezávislé externí hodnotitele, kteří mimo jiné hospodárnost hodnotí.
